رغم أن المرجان والإسفنجيات يعيشان في بيئات متشابهة، إلا أن هناك اختلافات واضحة بينهما:
التركيب: المرجان يمتلك خلايا لاسعة وأنسجة متخصصة، بينما الإسفنجيات تفتقر إلى الأنسجة الحقيقية.
طريقة التغذية: المرجان يعتمد على صيد الكائنات الصغيرة والتكافل مع الطحالب، أما الإسفنجيات فتعتمد على ترشيح الماء.
التكاثر: المرجان يتكاثر جنسيًا ولاجنسيًا، وكذلك الإسفنجيات، لكن آليات التكاثر تختلف بينهما.
الدور البيئي: الشعاب المرجانية توفر بيئة غنية للكائنات البحرية، بينما الإسفنجيات تساهم في تنقية المياه.